Hoe en in welke mate draagt het bodembeheer in een agro-ecologisch teeltsysteem bij aan de bodemkwaliteit, wat betreft kenmerken en processen? Kan bodemverdichting vermeden of opgeheven worden? In welke mate worden voedingsstoffen weerhouden en benut? In welke mate en hoe snel verhoogt de agro-ecologische aanpak het koolstofgehalte van de bodem?
Een meerjarige monitoring met geavanceerde meetmethodes op bepaalde percelen van het PHAE bij strikte toepassing van alternatieve bodembeheermaatregelen zal een inzicht geven in de progressie inzake algemene bodemkwaliteit. Zowel het verbeteren van de bodemstructuur als het opbouwen van de koolstofvoorraad in de bodem zijn een proces van meerdere jaren.